Les membres du conseil ainsi que son président sont nommés par décret pris sur le rapport du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Les membres mentionnés au 2° de l'article L. 114-3-3 du code de la recherche sont choisis parmi les candidats proposés par les présidents ou directeurs des établissements publics d'enseignement supérieur, des établissements publics ayant une mission statutaire de recherche ainsi que des fondations d'utilité publique mentionnées à l'article L. 343-1 du code de la recherche qui réalisent des travaux de recherche. Chaque établissement ou organisme peut proposer un candidat. Les établissements et organismes employant plus de mille agents peuvent en proposer deux.

Les membres mentionnés au 3° de l'article L. 114-3-3 précité sont choisis parmi les candidats proposés par les instances d'évaluation mentionnées au premier alinéa de l'article L. 952-6 du code de l'éducation et à l'article L. 321-2 du code de la recherche et par les autres instances d'évaluation instituées dans les établissements publics ayant une mission statutaire de recherche et les fondations mentionnées à l'alinéa précédent.

L'instance d'évaluation de chaque établissement ou organisme, ainsi que la commission des titres d'ingénieurs et la commission d'évaluation des formations et diplômes de gestion, peuvent proposer un candidat. Les instances d'évaluation des établissements et des organismes employant plus de mille agents peuvent en proposer deux. Le Conseil national des universités ou le Comité national de la recherche scientifique peuvent proposer chacun trois noms.