Des comptes de profits et pertes et, soit des bilans, soit des bilans financiers annuels décrivant l'actif et le passif, sont tenus et publiés, d'une part, pour les activités relatives à la fourniture des services de transport ferroviaire de fret et, d'autre part, pour les activités relatives à la fourniture des services de transport ferroviaire de personnes.

Lorsqu'un groupe d'entreprises publiant une comptabilité consolidée ou une entreprise exploite plusieurs services de transport ferroviaire de fret, la gestion de ces services fait l'objet d'une comptabilité séparée, le cas échéant consolidée au niveau du groupe.

Les fonds publics reçus par les entreprises ferroviaires au titre des missions de service public de voyageurs qui leur sont confiées ne peuvent être affectés à d'autres activités et doivent figurer dans les comptes correspondants. Les comptes sont établis de manière séparée pour chaque convention donnant lieu à des fonds publics pour les exercices ouverts à compter du 1er janvier 2015.

Les comptes sont tenus de façon à permettre le suivi de l'interdiction de transférer des fonds publics d'une activité à une autre.