Les activités sociales, médico-sociales ou culturelles de l'institution sont gérées par branche spécialisée.

Les établissements des différentes branches sont administrés par des gérants responsables devant l'administrateur.

Les établissements assujettis par leur spécialisation à des règles de fonctionnement faisant l'objet de décrets ou d'instructions d'autres départements ministériels sont gérés conformément à ces décrets et instructions dans le cadre ci-dessus fixé.

En vue de faciliter leur gestion, les établissements peuvent être regroupés dans les conditions fixées par le ministre de la défense.

Sous réserve des précisions données aux articles R. 3422-10 à R. 3422-23, l'institution observe, pour sa gestion financière et comptable, les règles du droit privé.

Les opérations financières et comptables de l'institution sont effectuées dans le cadre d'états de prévisions de recettes et de dépenses établis pour l'année civile.

Chaque état comprend deux sections, l'une relative à l'exploitation et l'autre aux opérations en capital. Il est présenté selon la nomenclature prévue par le plan comptable de l'institution.

L'administrateur ordonne les dépenses et autorise les recettes.

Ce dernier peut déléguer sa signature aux gérants des établissements et, après avis du conseil de gestion, à un ou plusieurs agents de l'institution ou, en cas de nécessité, au représentant local du service de l'action social du ministère de la défense, agissant au nom et pour le compte de l'institution.

Les recettes et dépenses sont exécutées par un trésorier comptable central désigné par le ministre de la défense après avis du conseil de gestion.

Le trésorier comptable central tient la comptabilité générale de l'institution dans les conditions définies par le plan comptable de cet organisme qui s'inspire du plan comptable général et est approuvé par le ministre chargé du budget après avis de l'Autorité des normes comptables.

La comptabilité des prix de revient et la comptabilité des matériels et des stocks sont tenues par le trésorier comptable central ou sous son contrôle.

Les trésoriers comptables adjoints, désignés par l'administrateur avec l'agrément du trésorier comptable central, sont chargés d'effectuer les opérations de recettes et de dépenses et de tenir la comptabilité des établissements. Ces comptabilités sont centralisées par le trésorier comptable central.

Lorsque l'importance de l'établissement ne justifie pas la présence d'un gérant et d'un trésorier comptable adjoint, le gérant exerce en même temps les fonctions de comptable.

Les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées selon les directives données par le trésorier comptable central.

Les agents habilités à manier des deniers ou des matières sont pécuniairement responsables de leur conservation, de l'encaissement des recettes qu'ils doivent recouvrer ainsi que du caractère libératoire des règlements qu'ils effectuent.

Le cas échéant, si l'administrateur ne poursuivait pas la mise en jeu de cette responsabilité, le ministre de la défense pourrait en prendre l'initiative, le conseil de gestion entendu, sur le vu des rapports qui lui sont remis par les organes de contrôle prévus à l'article R. 3422-15.

La responsabilité pécuniaire des agents du service de l'action sociale du ministère de la défense lorsqu'ils agissent dans le cadre de la délégation de signature de l'administrateur, prévue à l'article R. 3422-11, ne peut être recherchée qu'en cas de faute personnelle selon les principes du droit commun administratif.

Le ministre de la défense peut faire assurer la surveillance administrative des établissements par les services des commissariats de l'armée de terre, la marine et de l'air.

En outre, l'institution est soumise aux vérifications des comptables supérieurs du Trésor et de l'inspection générale des finances, ainsi qu'au contrôle de la Cour des comptes dans les conditions précisées par les articles R. 3422-22 et R. 3422-23.

Les créances de l'institution peuvent faire l'objet :

― soit d'une remise gracieuse en cas de gêne des débiteurs ;

― soit d'une admission en non-valeur en cas d'insolvabilité des débiteurs.

Les décisions de remise gracieuse et d'admission en non-valeur sont prises, éventuellement au vu d'une enquête sociale, par l'administrateur après avis du conseil de gestion.

Les taux d'amortissement des biens meubles et immeubles composant le patrimoine de l'institution sont fixés par l'administrateur qui détermine également, dans le cadre du plan comptable mentionné à l'article R. 3422-12, les modalités de tenue des inventaires.

Les fonds libres de l'institution sont déposés au Trésor ou, dans la limite de 25 % de leur montant, dans un établissement bancaire agréé.

Les comptes annuels de l'institution comprennent :

1° La balance générale des comptes à la clôture de l'exercice ;

2° Le compte d'exploitation générale ;

3° Le compte des pertes et profits ;

4° Le bilan à la clôture de l'exercice considéré.

Ils sont appuyés d'une situation détaillée présentant l'ensemble des moyens en personnel et en matériel mis à la disposition de l'institution, pendant l'exercice considéré, par l'Etat ou par d'autres organismes publics ou privés.

Les comptes annuels peuvent être présentés de manière à faire apparaître distinctement les résultats de certains établissements ou de certaines branches d'activité.

Les comptes annuels sont préparés par le trésorier comptable central, arrêtés par l'administrateur et soumis par lui au conseil de gestion de l'institution. Ils sont transmis pour approbation à l'autorité de tutelle au plus tard à la fin du premier semestre qui suit l'année à laquelle ils se rapportent.

Un exemplaire des comptes annuels, appuyé des pièces justificatives, est conservé par le trésorier comptable central pendant dix ans après la clôture de l'exercice.

Un autre exemplaire est transmis à la Cour des comptes par le ministre de la défense.

Le contrôle de la Cour des comptes porte sur l'ensemble des activités exercées par l'institution ainsi que sur les résultats obtenus.
Les magistrats de la cour peuvent effectuer toutes missions, enquêtes générales ou particulières et vérifications tant au siège de l'institution que dans les établissements.

A cette occasion, les magistrats de la cour peuvent demander le concours des personnels relevant du ministère de la défense.

Pour une affaire déterminée, la cour peut entendre un fonctionnaire du service chargé d'exercer la tutelle au nom du ministre de la défense.

La cour délibère sur le rapport des magistrats, communique ses observations au ministre de tutelle et à l'administrateur de l'institution. Celui-ci informe le conseil de gestion dans le délai qui lui est imparti par la cour, fait connaître tant à la cour qu'à l'autorité de tutelle ses réponses aux observations ainsi que, le cas échéant, les mesures prises à la suite de cette communication.
Lorsqu'elle a arrêté ses conclusions, la cour en saisit l'autorité de tutelle par référé du premier président ou par l'intermédiaire du procureur général.