Le contrôle général des armées exerce sur l'établissement le contrôle prévu par le chapitre 3 du titre II du livre Ier de la troisième partie du présent code.

Le régime financier et comptable de l'établissement, complété par les dispositions particulières ou complémentaires édictées dans les articles ci-après, est défini par l'article 60 de la loi de finances n° 63-156 du 23 février 1963 et par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 modifié relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.

Les recettes de l'établissement comprennent notamment :
1° Les produits des prestations et des cessions de droit d'exploitation de productions sur tous supports ;
2° Les produits de la vente des publications, ouvrages et réalisations diverses ;
3° Les recettes provenant des insertions publicitaires figurant dans les publications qu'il réalise ou fait réaliser ;
4° Des recettes provenant des dons, legs, dépôts et dations et toutes recettes en application de la loi sur le mécénat ;
5° La participation de l'Etat, des collectivités locales et des employeurs au financement des formations professionnelles initiales et continues ;
6° Les revenus ou produits de l'aliénation de ses biens meubles et immeubles dans les conditions fixées par le code du domaine de l'Etat ;
7° Des subventions accordées par l'Etat et les collectivités locales et de tout organisme public ou privé, français, étranger ou international.

Les dépenses de l'établissement comprennent les frais d'investissements et en ce qui concerne l'immeuble qui lui est affecté les charges de l'occupant, les frais de personnel, de fonctionnement, de représentation, d'entretien, de sécurité et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'accomplissement de ses missions.

Les projets de budget, de décisions modificatives, de compte financier ainsi que les projets de délibérations ayant une incidence financière non prévue au budget sont communiqués à l'autorité de tutelle et au ministre chargé du budget quinze jours au moins avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations relatives au budget, aux décisions modificatives, au compte financier ainsi que celles ayant une incidence financière non prévue au budget sont exécutoires dans les conditions prévues à l'article 1er du décret n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.
En cas d'opposition de l'autorité de tutelle ou du ministre chargé du budget, le conseil d'administration dispose d'un délai de quinze jours pour délibérer à nouveau. A l'issue de cette nouvelle délibération, si le désaccord persiste, la décision est arrêtée par le ministre de la défense et le ministre chargé du budget.

L'établissement est soumis au contrôle financier institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les attributions du contrôle financier sont fixées par arrêté du ministre de tutelle et du ministre chargé du budget.
Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par le directeur de l'établissement, après accord du contrôleur financier, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.
Les régisseurs sont désignés par le directeur de l'établissement avec l'agrément de l'agent comptable.