Le régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique et par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics est applicable à l'Ecole nationale supérieure de techniques avancées, sous réserve des dispositions de la présente sous-section.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.

Les recettes de l'Ecole nationale supérieure de techniques avancées comprennent notamment :
1° Les subventions de l'Etat, des collectivités publiques et de tout organisme public ou privé, français, étranger ou international ;
2° Le produit des droits de scolarité, d'examens et de concours, ainsi que les versements et contributions des élèves, des auditeurs et des stagiaires et de toutes personnes, y compris les membres du personnel permanent ou non, admis par le directeur aux différents services de l'école ;
3° Les ressources provenant de ses activités de formation, des congrès, colloques et manifestations qu'elle organise et des prestations de services qu'elle effectue ;
4° Les produits des travaux de recherche, de développement et d'application correspondant aux contrats qu'elle exécute, à l'exploitation et à la cession de brevets ou aux publications qu'elle édite ;
5° Les recettes provenant des dons et legs et de la participation des employeurs au financement des premières formations technologiques et professionnelles ou des formations professionnelles continues, notamment au titre de la taxe d'apprentissage ;
6° Les revenus des biens meubles et immeubles, notamment les produits des locations et, de manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'Ecole nationale supérieure de techniques avancées comprennent les frais de personnel propres à l'établissement, les charges d'équipement, de fonctionnement, d'entretien, de sécurité et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'école.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par le directeur de l'école, après accord du contrôleur financier, dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics et ses textes d'application. Les régisseurs sont désignés par le directeur de l'école avec l'agrément de l'agent comptable.

L'Ecole nationale supérieure de techniques avancées peut prendre des participations financières et créer des filiales dans le cadre des missions définies à l'article R. 3411-30 en vue notamment d'assurer la valorisation de ses recherches.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires dans le délai de trente jours à compter de la date de notification à l'autorité de tutelle.
Durant ce délai, le ministre de la défense peut s'opposer à l'exécution des délibérations.
Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués au ministre chargé de la défense et au ministre chargé du budget quinze jours au moins avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations relatives au projet de budget et de décisions modificatives sont exécutoires dans le délai de trente jours à compter de leur notification aux ministres respectivement chargés de la défense et du budget, sauf opposition expresse de l'un ou l'autre de ces ministres.
En cas de refus d'approbation, le conseil d'administration dispose d'un délai de quinze jours pour délibérer à nouveau.
A l'issue de cette nouvelle délibération ou à défaut d'une nouvelle délibération, si le budget n'est pas approuvé, il est arrêté conjointement par le ministre chargé de la défense et par le ministre chargé du budget.
Les délibérations du conseil d'administration relatives à l'approbation du compte financier, aux prises de participations financières et à la création de filiales sont soumises à l'approbation expresse du ministre chargé de la défense et à celle du ministre chargé du budget.

L'Ecole nationale supérieure de techniques avancées est soumise au contrôle financier de l'Etat prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités particulières d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.