Les dispositions du décret n° 94-39 du 14 janvier 1994 modifié relatif au budget et au régime financier des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables à l'ISAE. Toutefois, par dérogation à l'article 18 de ce décret, l'avis du conseil de la recherche n'est, pour les matières qui le concernent, pas requis.

Les recettes de l'ISAE comprennent :
1° Les subventions de l'Etat, des collectivités publiques ou tout organisme public, français, étranger ou international ;
2° Le produit des droits d'inscription à l'ISAE, d'examens et de concours, ainsi que les versements et contributions des élèves, des auditeurs et des stagiaires et de toutes personnes, y compris les membres du personnel permanent ou non, admis par le directeur général aux différents services de l'ISAE ;
3° Les ressources provenant de ses activités de formation, des congrès, colloques et manifestations qu'il organise et des prestations de services qu'il effectue ;
4° Les produits des travaux de recherche, de développement et d'application correspondant aux contrats qu'il exécute, à l'exploitation et à la cession de brevets ou aux publications qu'il édite ;
5° Les recettes provenant des dons et legs et de la participation des employeurs au financement des premières formations technologiques et professionnelles ou des formations professionnelles continues, notamment au titre de la taxe d'apprentissage ;
6° Les revenus des biens meubles et immeubles, notamment les produits des locations ;
7° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois ou règlements.

Les dépenses comprennent les frais de personnel, les frais de fonctionnement, d'équipement et d'investissement et, de manière générale, toutes les dépenses nécessaires à l'activité de l'établissement.

L'ISAE est soumis au contrôle financier de l'Etat prévu à l'article L. 719-9 du code de l'éducation. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.