A compter de la notification ou de la publication de l'acte contesté, ou de l'intervention d'une décision implicite de rejet d'une demande, le militaire dispose d'un délai de deux mois pour saisir la commission par lettre recommandée avec avis de réception adressée au secrétariat de la commission.
La lettre de saisine de la commission est accompagnée d'une copie de l'acte. Dans le cas d'une décision implicite de rejet, la lettre de saisine est accompagnée d'une copie de la demande.
Si la copie de l'acte ou, dans le cas d'une décision implicite de rejet, la copie de la demande ne sont pas jointes à l'envoi, le secrétariat de la commission met l'intéressé en demeure de la produire dans un délai de deux semaines ; en l'absence de production dans ce délai, l'intéressé est réputé avoir renoncé à son recours. Le président de la commission en dresse le constat et en informe l'intéressé.
Lorsque le recours est formé après l'expiration du délai de recours mentionné au premier alinéa, le président de la commission constate la forclusion et en informe l'intéressé.

Dès réception du recours, le président de la commission en informe l'autorité dont émane l'acte contesté ainsi que celle dont relève l'intéressé.
Le président de la commission transmet à l'autorité compétente les recours ne relevant pas de la compétence de la commission et en informe l'intéressé.
Toute autorité recevant un recours dont l'examen relève de la compétence de la commission le transmet sans délai à cette commission et en avise l'auteur du recours.

L'exercice d'un recours devant la commission ne suspend pas l'exécution de l'acte contesté. Toutefois, l'auteur de celui-ci peut le retirer tant que le ministre n'a pas statué sur le recours.
L'auteur du recours peut y renoncer à tout moment par simple lettre adressée au secrétariat de la commission. Le président de la commission en donne acte à l'intéressé.

La commission est présidée par un officier général de la 1re section en activité. Elle comprend en outre :
1° Quatre officiers généraux appartenant respectivement à l'armée de terre, à la marine nationale, à l'armée de l'air et à la gendarmerie nationale ;
2° Le directeur des ressources humaines du ministère de la défense ou son représentant ;
3° Un officier général ou de rang correspondant représentant l'armée ou la formation rattachée dont relève l'intéressé.

Les membres de la commission sont nommés par arrêté du ministre de la défense pour une durée de deux ans, renouvelable deux fois. Pour chacun d'eux, à l'exception du directeur des ressources humaines du ministère de la défense, un suppléant est nommé dans les mêmes conditions. Le mandat de l'officier général admis dans la 2e section n'est renouvelable qu'une fois.
Les membres mentionnés aux 1° et 3° de l'article R. 4125-5 sont choisis parmi les officiers généraux en activité ou admis dans la 2e section depuis moins de dix-huit mois.
Pour le membre mentionné au 3° du même article, le suppléant est un officier général en activité si le titulaire nommé est un officier général en 2e section.
Un rapporteur général et des rapporteurs, ayant accompli au moins trois ans de services effectifs, sont choisis parmi les officiers et les fonctionnaires de catégorie A. Ils sont nommés par arrêté du ministre de la défense.
La commission dispose d'un secrétariat permanent placé sous l'autorité du président.

La commission ne siège valablement que si cinq au moins des sept membres, dont le président ou son suppléant, sont présents.
En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

La procédure d'instruction des recours est écrite. La commission ne peut statuer qu'après que l'intéressé a été mis à même de présenter des observations écrites.
Si elle l'estime nécessaire, la commission peut convoquer l'intéressé. Lors de son audition, ce dernier peut se faire assister d'un militaire de son choix en position d'activité, à l'exclusion de toute autre personne.
Les membres de la commission ainsi que les rapporteurs procèdent à toute mesure utile à l'examen des recours.

La commission recommande au ministre de la défense soit de rejeter le recours, soit de l'agréer totalement ou partiellement. Son avis ne lie pas le ministre.

Dans un délai de quatre mois à compter de sa saisine, la commission notifie à l'intéressé la décision du ministre prise sur son recours qui se substitue à la décision initiale. Cette notification, effectuée par lettre recommandée avec avis de réception, fait mention de la faculté d'exercer, dans le délai de recours contentieux, un recours contre cette décision devant la juridiction compétente à l'égard de l'acte initialement contesté devant la commission.
L'absence de décision notifiée à l'expiration du délai de quatre mois vaut décision de rejet du recours formé devant la commission.

Une copie de la décision du ministre ou, dans les cas prévus aux articles R. 4125-2 à R. 4125-4, de celle du président de la commission est adressée à l'autorité dont relève l'intéressé.

La commission présente au ministre de la défense un rapport annuel d'activité.

Les dispositions de la présente section ne sont pas applicables aux mesures prises en application du code des pensions militaires d'invalidité et des victimes de la guerre et du code des pensions civiles et militaires de retraite, ni à celles qui relèvent de la procédure organisée par le décret n° 92-1369 du 29 décembre 1992 modifiant le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique et fixant les dispositions applicables au recouvrement des créances de l'Etat mentionnées à l'article 60 de ce décret.

Les règles de fonctionnement de la commission et les modalités d'examen des recours sont précisées par arrêté du ministre de la défense.