Les lycées professionnels maritimes sont dirigés par un chef d'établissement nommé par arrêté du ministre chargé de la mer.
Le chef d'établissement représente l'Etat au sein de l'établissement. Il est l'organe exécutif de l'établissement.

En qualité d'organe exécutif de l'établissement, le chef d'établissement :
1° Représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° A autorité sur le personnel recruté par l'établissement ;
3° Préside le conseil d'administration, le conseil de perfectionnement et de la formation professionnelle et le conseil de discipline ;
4° Est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
5° Prépare les travaux du conseil d'administration, et notamment, en fonction des orientations relatives à l'équipement et au fonctionnement fixées par la région et dans la limite des ressources dont dispose l'établissement, le projet de budget ;
6° Exécute les délibérations du conseil d'administration, et notamment le budget adopté par le conseil ;
7° Soumet au conseil d'administration les mesures à prendre dans les domaines définis à l'article R. 421-92 et exécute les décisions adoptées par le conseil ;
8° Après accord du conseil d'administration, conclut tout contrat ou convention au nom de l'établissement, et notamment tout contrat relatif aux actions de formation continue ;
9° Transmet les actes de l'établissement dans les conditions fixées aux articles L. 421-11, L. 421-14 et L. 421-20, conformément aux dispositions des articles R. 421-54 et R. 421-55.

En qualité de représentant de l'Etat au sein de l'établissement, le chef d'établissement :
1° A autorité sur l'ensemble des personnels affectés ou mis à disposition de l'établissement ; il désigne à toutes les fonctions au sein de l'établissement ; il fixe le service des personnels ;
2° Veille au bon déroulement des enseignements ainsi que du contrôle continu des aptitudes et des connaissances ;
3° Prend toutes dispositions, en liaison avec les autorités administratives compétentes, pour assurer la sécurité des personnes et des biens, l'hygiène et la salubrité de l'établissement ;
4° Est responsable de l'ordre dans l'établissement. Il veille au respect des droits et des devoirs de tous les membres de la communauté scolaire et assure l'application du règlement intérieur ;
5° Engage les actions disciplinaires et intente les poursuites devant les juridictions compétentes ; à l'égard des élèves, il prononce seul les sanctions mentionnées à l'article 6 du décret n° 85-1242 du 25 novembre 1985 relatif aux établissements publics locaux d'enseignement relevant du ministre chargé de le mer, sans préjudice de l'application des sanctions prévues par le règlement intérieur.

Le chef d'établissement rend compte de sa gestion au conseil d'administration et en informe le directeur régional des affaires maritimes et le conseil régional.

En cas de difficultés graves dans le fonctionnement d'un établissement, le chef d'établissement peut prendre toutes dispositions nécessaires pour assurer le bon fonctionnement du service public.
S'il y a urgence, et notamment en cas de menace ou d'action contre l'ordre dans les enceintes et locaux scolaires de l'établissement, le chef d'établissement, sans préjudice des dispositions générales réglementant l'accès aux établissements, peut :
1° Interdire l'accès à ces enceintes ou locaux à toute personne relevant ou non de l'établissement ;
2° Suspendre des enseignements ou autres activités au sein de l'établissement.
Le chef d'établissement informe le conseil d'administration des décisions prises et en rend compte au chef de quartier des affaires maritimes, au maire de la commune siège de l'établissement et au président du conseil régional.

Le chef d'établissement peut être secondé dans ses tâches de gestion matérielle et financière par un agent nommé par le ministre chargé de la mer ou par le directeur régional des affaires maritimes.
Le chef d'établissement peut déléguer sa signature et une partie de ses attributions.
En cas d'absence ou d'empêchement, le chef d'établissement est suppléé par son adjoint s'il en existe un, notamment pour la présidence du conseil d'administration, du conseil de perfectionnement et de la formation professionnelle et du conseil de discipline. Toutefois, la suppléance n'a pas d'effet sur l'exercice des fonctions d'ordonnateur.
En cas d'absence ou d'empêchement du chef d'établissement, le directeur régional des affaires maritimes nomme un ordonnateur suppléant.