Le régime financier et comptable défini par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique et par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables est applicable à l'établissement, sous réserve des dispositions particulières prévues par les articles D. 314-44 à D. 314-50.

Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, l'Institut national de la recherche pédagogique est soumis au contrôle financier dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat.

Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'éducation.

L'agent comptable de l'Institut national de recherche pédagogique est nommé par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'éducation.

Les dépenses de l'Institut national de la recherche pédagogique comprennent les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'établissement.

Les recettes de l'Institut national de la recherche pédagogique comprennent notamment :

1° Les subventions de l'Etat, des collectivités publiques et de tout organisme public ou privé ;

2° Les redevances et produits de toute nature relevant de ses activités ;

3° Les revenus de biens et de valeurs ;

4° Les dons et legs ;

5° Les produits des emprunts.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées par le directeur de l'Institut national de recherche pédagogique, conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics, dans les conditions fixées par arrêté des ministres chargés du budget et de l'éducation. Les régisseurs sont nommés par le directeur avec l'agrément de l'agent comptable.

Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués aux ministres chargés de l'éducation et du budget au moins quinze jours avant leur présentation au conseil d'administration.

Les délibérations portant sur le budget et ses décisions modificatives, le compte financier, les emprunts et les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles sont adressées aux ministres chargés de l'éducation et du budget. Elles sont exécutoires dans les conditions prévues par le décret n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.

Toutefois, les modifications du budget qui ne comportent pas de variations du montant total du budget primitif, de virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres de personnel et les chapitres de matériel sont prises par le directeur de l'établissement. Ces décisions modificatives provisoires sont exécutoires après accord du membre du corps du contrôle général économique et financier et sont soumises pour ratification au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Les délibérations du conseil d'administration relatives aux emprunts et aux aliénations sont soumises à l'approbation des ministres chargés de l'éducation et du budget.