L'établissement est soumis au régime financier et comptable fixé par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'application de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.

Le contrôle financier est exercé dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget.

L'établissement est doté d'un plan comptable approuvé par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé des transports, après avis du Conseil national de la comptabilité.
Les comptes sont tenus de façon à distinguer la gestion du régime lui-même du fonctionnement propre de l'établissement.
Les opérations financières et comptables de l'Etablissement public des fonds de prévoyance militaire et de l'aéronautique sont réalisées par le caissier général de la Caisse des dépôts et consignations conformément aux règles propres appliquées à cette dernière.

Les ressources de l'établissement comprennent :
1° Pour le fonds de prévoyance militaire :
a) Une cotisation prélevée sur l'indemnité pour charges militaires pour les militaires percevant ladite indemnité et dont le taux est fixé par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre chargé du budget ;
b) Une cotisation à la charge des militaires en détachement et des officiers généraux nommés sur un emploi fonctionnel ;
c) Une cotisation à la charge de l'Etat pour les autres militaires ainsi que pour les personnes engagées pour tout ou partie de la durée de la guerre et les jeunes gens participant aux séances d'instruction ou d'examen dans le cadre de périodes militaires d'initiation ou de perfectionnement à la défense nationale organisées sous la responsabilité de l'autorité militaire ;
d) Une cotisation à la charge de l'Etat lorsque les circonstances le justifient ;
e) Les revenus et produits provenant de l'emploi des disponibilités ;
f) Les majorations de retard de paiement et le reversement des indus ;
g) Les produits des dons et legs.
2° Pour le fonds de prévoyance de l'aéronautique :
a) Les cotisations prélevées sur les indemnités pour services aériens, les indemnités pour risques professionnels, les indemnités journalières de service aéronautique ou pour services aériens techniques et les indemnités journalières et horaires de vol, dont le montant est fixé par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé des transports et du ministre chargé du budget ;
b) Les cotisations à la charge des officiers généraux qui, nommés sur un emploi fonctionnel, continuent d'être affiliés au fonds de prévoyance de l'aéronautique au titre des services aériens qu'ils effectuent ;
c) Les cotisations mises à la charge des militaires en détachement qui continuent d'être affiliés au fonds de prévoyance de l'aéronautique au titre des services aériens qu'ils effectuent dans leur nouvelle position statutaire, dont le montant est fixé par arrêté conjoint du ministre de la défense, du ministre chargé des transports et du ministre chargé du budget ;
d) Une cotisation à la charge de l'Etat pour les personnes engagées pour tout ou partie de la durée de la guerre et les jeunes gens participant aux séances d'instruction ou d'examen dans le cadre de périodes militaires d'initiation ou de perfectionnement à la défense nationale organisées sous la responsabilité de l'autorité militaire ;
e) Une cotisation à la charge de l'Etat lorsque les circonstances le justifient ;
f) Les revenus et produits provenant de l'emploi des disponibilités ;
g) Les majorations de retard de paiement et le reversement des indus ;
h) Les produits des dons et legs.

Les dépenses de l'établissement comprennent :
1° Pour le fonds de prévoyance militaire :
a) Les sommes payées aux bénéficiaires des allocations et secours ;
b) Les remises ou réductions des majorations de retard de paiement ;
c) Les rémunérations des personnels et les frais de fonctionnement de l'établissement, qui comprennent notamment les frais de gestion mentionnés à l'article R. 3417-25.
2° Pour le fonds de prévoyance de l'aéronautique :
a) Les sommes payées aux bénéficiaires des allocations et secours ;
b) Les remises ou réductions des majorations de retard de paiement ;
c) Les rémunérations des personnels et les frais de fonctionnement de l'établissement, qui comprennent notamment les frais de gestion mentionnés à l'article R. 3417-25.

Il peut être créé des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.