L'Académie de marine est dirigée par un président assisté d'un vice-président, d'un secrétaire perpétuel et d'un secrétaire perpétuel adjoint qui, avec le président, forment le bureau de l'académie. Les quatre membres de ce bureau sont élus parmi les membres titulaires et accèdent à leur fonction dans les conditions prévues aux articles R. 3413-98 et R. 3413-99 et selon les modalités fixées par le règlement intérieur.
Le bureau se réunit sur convocation de son président. Le chef d'état-major de la marine peut se faire représenter, avec voix consultative, aux réunions du bureau dont il est avisé.