L'Agence nationale de la recherche conclut avec l'État un contrat pluriannuel qui définit, pour l'ensemble de ses activités, les objectifs de l'établissement ainsi que les engagements réciproques des parties. L'exécution du contrat fait l'objet, au moins tous les quatre ans, d'une évaluation à laquelle participent des experts étrangers, notamment des experts issus des États membres de l'Union européenne.